Also merken: NIE WIEDER BOM setzen! Das wird ab jetzt bestraft.

Wie ich die BOMs entfernt habe, seht Ihr hier (im Verzeichnis des Neo-SVN starten):
  for i in $(find -type f | grep -v \.svn); do sed -i '1s%^\xef\xbb\xbf%%' "$i"; done

In der trac.ini war dazu nur folgendes notwendig zu ändern:
  default_charset = utf8

Danke an Mœsi für den (etwas späten) Hinweis.